В настоящее время в музее имеется более 2 000 экспонатов по природе, истории и культуре Черноярского района.
Экспозиция «История и быт станицы Черноярской, города и села Черный Яр» позволяет проследить самые важные этапы истории села, начиная с основания крепости «Черный острог» в 1627 году, заканчивая современным состоянием села. Экспозиционный зал демонстрирует традиционные интерьеры купеческих и крестьянских домов, в том числе «святой угол», продуктовую лавку, купеческую гостиную, сельскую горницу, стряпушечную, хозяйственный двор, церковно-приходскую школу.
Комплекс «Станичное казачье управление» посвящен истории черноярского казачества, берущей начало в XVII веке, с указа Петра I обратить сосланных в Черный Яр стрельцов в казаков.
Участию жителей села Черный Яр в военных кампаниях Великой Отечественной войны посвящен Зал боевой славы. Экспозиция рассказывает о Черноярском истребительном батальоне, в котором служило много молодых девушек; о бомбардировке, которой подвергся Черный Яр в 1942 году; о Черноярском рыбозаводе, в военные годы снабжавшем армию и тыл рыбной продукцией.
