Первоочередной миссией Крымскотатарского музея культурно-исторического наследия является собирание, сохранение, изучение, интерпретация и презентация произведений исторического и художественного значения, традиционных культурных ценностей, самобытности и духовного богатства крымских татар.
Музей не просто собирает экспонаты, но и стремится к изучению истоков и традиций. Показом отдельных памятников, объектов, имеющих культурно-историческое значение, он помогает раскрыть «белые пятна» в истории Крыма и способствует становлению культуры сегодняшнего.
В настоящее время музей состоит из шести отделов: отдела фондов, отдела научно-экспозиционной работы, отдела культурно-образовательной и выставочной работы, Музея дважды Героя Советского Союза Амет-Хана Султана (г. Алупка), Музея истории и археологии (г. Старый Крым) и Мемориального комплекса памяти жертв депортации (п. Сирень Бахчисарайского района).
