Историко-краеведческий музей основан в 1898 году и является одним из старейших музеев на юге страны. С 1927 года он располагается в особняке дворцового типа, который в 1848 году был построен одним из богатейших предпринимателей города – Н. Д. Алфераки – по проекту итальянских мастеров.
Здание является объектом культурного наследия федерального значения – памятником градостроительства и архитектуры середины XIX века. Дворец Н. Д. Алфераки – яркий образец архитектурного стиля эклектика на юге России и один из самых цитируемых объектов региона в информационном пространстве.
В 2022 году историко-краеведческий музей открыл свои двери после окончания ремонтно-реставрационных работ. Постоянная экспозиция пока не создана – на сегодняшний день в музее представлены передвижные и стационарные выставки, основанные на экспонатах из коллекции Таганрогского музея-заповедника.
