Коллекция музея находится в трех залах, экспонаты музея отражают поэтапное развитие подводных силовых структур страны, их боевое применение в военный период.
Санкт-Петербургское государственное бюджетное учреждение культуры «Музей истории подводных сил России им. А. И. Маринеско» создано распоряжением губернатора Санкт-Петербурга В. А. Яковлева в дни празднования 52-й годовщины Победы советского народа в Великой Отечественной войне – 7 мая 1997 года с целью увековечивания боевых подвигов подводников России, изучения истории создания и развития её подводных сил, пропаганды их боевого прошлого, а также для решения задач патриотического воспитания молодёжи.
В основу фондов легла коллекция музея «Действия подводных лодок типа «С» на Балтике в 1941-1945 гг.» ленинградской общеобразовательной школы № 189.
Место музею выбрано не случайно на Кондратьевском проспекте, дом 83, корп. 1, вблизи от Богословского кладбища. Волею судеб на нём нашли свой вечный покой Герои Советского Союза А. И. Маринеско, Н. А. Лунин и ещё многие прославленные моряки-подводники.
Музейная экспозиция расположена в трёх залах общей площадью 303 кв.м. в хронологическом порядке. Это позволяет посетителям последовательно знакомиться с зарождением, развитием и совершенствованием отечественных Военно-морских подводных сил и их активном участии в защите морских рубежей отечества.
За годы своей деятельности музей стал неотъемлемой частью Калининского района Санкт-Петербурга, активным проводником Государственной программы патриотического воспитания граждан Российской Федерации в Санкт-Петербурге, и радушно ждёт жителей и гостей города, которые хотят познакомиться с историей подводных сил отечественного Военно-морского флота.
