История музея начинается с 19 января 1882 г., когда по представлению Государственного совета России Императором Александром III было утверждено «Положение о Геологическом комитете России» (Геолкоме). В этом «Положении» в качестве одной из задач было записано «собирание горных пород и полезных ископаемых и составление из них систематических коллекций». Однако, из-за отсутствия собственных помещений, Геологический комитет на протяжении 30 лет испытывал большие трудности.
В 1912 г., благодаря энергии Ф.Н. Чернышева, бывшего в то время Директором Геолкома, удалось добиться выделения целевых средств на строительство здания. «Закон об определении стоимости постройки и оборудования здания Геологического комитета и музея прикладной геологии и об отпуске из государственного казначейства средств на производство означенных постройки и оборудования» был подписан Николаем II 5 июня 1912 г. В новом, утвержденном в этом же году «Положении о Геологическом комитете», было записано: «При Геологическом комитете состоит музей прикладной геологии».
Для строительства здания был выделен участок земли на Васильевском острове, «уступленный военным ведомством из свободного участка, принадлежащего лейб-гвардии Финляндскому полку». В течение 1912-1914 гг. по специальному проекту архитекторов А.А. Полещука, М.Т. Преображенского, И.И. Померанцева было построено здание Геологического комитета. Последний его этаж предназначался для размещения геологического музея. С этого момента начались работы по обустройству музейных помещений и созданию в их стенах научных экспозиций.
В 1930 г. Приказом Главного геологического управления ВСНХ СССР ЦНИГР музей был выделен в качестве самостоятельного учреждения, а 2 мая 1930 г. состоялось официальное открытие музея для посетителей. В этом же году ему было присвоено имя академика Ф.Н. Чернышева, а с 1935 г. он стал научно-исследовательским и получил название «Центральный научно-исследовательский геологоразведочный музей имени академика Ф.Н. Чернышева» (ЦНИГР музей).
ЦНИГР музей - один из крупнейших естественноисторических музеев мира. Он уникален не только по объему музейных фондов (около 1 миллиона единиц хранения), но и по содержанию экспозиций. В музее представлены материалы по геологическому строению и месторождениям полезных ископаемых России, стран СНГ и Балтии. В выставочных залах общей площадью 3750 м2 экспонируются более 80 000 образцов минералов, горных пород, руд, ископаемой фауны и флоры. Над созданием музейного собрания трудились основоположники отечественной геологии - крупнейшие ученые 19–20 столетий - А.П. Карпинский, Ф.М. Чернышев, А.Е. Ферсман и многие другие.
