Корпус включает в себя два зала «Аквариум» и «Глубина».
В аквариальном зале можно увидеть экспозицию с великолепными морскими аквариумами, уникальными коллекциями раковин морских моллюсков и кораллов.
В экспозиции «Глубина» можно познакомиться с коллекциями барометров, измерителей течений, гидрофизических зондов, приборов и оборудования для подводных съемок, изучения глубин и оптических свойств, глубоководной техникой и многим другим. Но главными объектами экспозиции являются глубоководный обитаемые аппараты «Мир-1» и «Пайсис».
Корпус оснащен смотровой площадкой, откуда открывается вид на набережную исторического флота музея.
