Музей геологии является одним из старейших музеев Республики Башкортостан. Он образован в 1934 году при Южно-Уральском геологическом управлении (ул. Ленина, 37). В 1984 году Музей переехал по адресу: г. Уфа, ул. Ленина, 47.
Ранее принадлежал Министерству природопользования и экологии Республики Башкортостан, помещение Музея геологии передано Музею Уфы в 2022 году. Долгое время решался вопрос о передаче движимого имущества и коллекции минералов и образцов полезных ископаемых. В Музее геологии три зала: «Региональная геология», «Полезные ископаемые», «Цветные камни и минералы».
Гордостью музея являются яшмы. Ее образцы собраны почти со всех месторождений и проявлений республики, сосредоточенных в Учалинском, Абзелиловском, Баймакском и Хайбуллинском районах. Музей украшают изделия из цветных камней в виде флорентийской мозаики и объемных изделий (в виде фигурок животных, людей, сказочных персонажей, бытовых сценок и т.п.).
