Музей археологии и этнографии был основан в 1979 г. как подразделение Института истории, археологии и этнографии народов Дальнего Востока Дальневосточного отделения Российской академии наук.
Фонды музея организованы в соответствии с направлениями работы отделов института. Главным источником комплектования фондов являются полевые экспедиции сотрудников. За почти 50 лет существования было собрано 73 216 экспонатов: 1 713 единиц хранения в основном фонде музея и 71 548 единиц хранения – в научно-вспомогательном.
Экспозиция состоит из двух залов – «Археология» и «Этнография», в которых можно увидеть интересные экспонаты.
В зале «Археология» представлена крупнейшая коллекция находок из раскопок археологических памятников юга Дальнего Востока России с древности до Средневековья: орудия труда, предметы домашней утвари, орнаментированная лепная посуда, украшения из бронзы, камня, железа, стекла и серебра, предметы вооружения (кинжалы, мечи, копья, наконечники стрел, остатки панциря и шлема), культовые предметы и многое другое.
Зал «Этнография» знакомит посетителей с материальной и духовной культурой аборигенов Дальнего Востока – нанайцев, удэгейцев, нивхов, орочей, ороков, негидальцев, эвенов и эвенков. Здесь выставлены оригинальные предметы из из рыбьей кожи, шкур, кости, бересты и дерева.