Выставочный комплекс «Вологда на рубеже XIX–XX вв.» расположен в купеческой усадьбе, состоящей из трех строений: лавки, купеческого особняка, доходного дома. Все постройки в начале ХХ в. принадлежали купцу второй гильдии, ювелиру и часовых дел мастеру Александру Павловичу Самарину (1862–1934), поэтому филиал музея «Вологда на рубеже XIX–XX вв.» иногда называют просто домом купца Самарина. Архитектура зданий типична для деревянного вологодского домостроения того времени: при строительстве использованы элементы провинциального модерна и классического стиля.
Экспозиции музея демонстрируют стиль жизни вологодских купцов и мещан на рубеже XIX и XX столетий. С историей дома и его хозяев посетителей знакомят экспонаты небольшой выставки «Реликвии дома Самариных».
В доходном доме находится мемориальная квартира, где в 1912–1914 гг. в ссылке жила М. М. Ульянова с матерью. С 1990-х гг. здесь работают такие выставки, как «Вологда на рубеже веков», «Урок в старой школе», «В доме купца Самарина», «Традиции русского застолья».