Юрьев-Польский относится к древнейшим городам России. Город расположен на реке Колокше. Основан Юрием Долгоруким как город-крепость, обнесен земляными валами и рвом. В кольце древних валов сохранился ансамбль Михайло-Архангельского монастыря и Георгиевский Собор домонгольского периода. Считается, что монастырь был основан сыном Всеволода Большое Гнездо Святославом в XIII веке. Обитель пострадала во времена татаро-монгольского нашествия, все деревянные постройки были уничтожены пожаром. Восстановление монастыря начинается в начале XVI века, отстраивается в камне. В монастырских постройках XVII-XVIII веков располагаются основные постоянно действующие стационарные экспозиции музея.
Открытие музея было приурочено ко дню празднования Октябрьской революции 7 ноября 1920 года.
В первые годы существования музея коллекции формировались за счет предметов культа, поступивших из закрывающихся церквей, расположенных на территории города и Юрьев-Польского района, а также в результате национализации по актам изъятия из имений князей Голицыных, купцов Беднякова, Ганшина, Овсянникова и др. Фонды пополнялись все годы существования музея: многое приносили в дар частные лица, часть предметов закупалось, сотрудники музея выезжали в этнографические экспедиции.
По состоянию на первое января 2025 года фонд музея составляет 16811 единиц хранения.
