Музей истории Санкт-Петербургского государственного университета – старейший музей истории высшего учебного заведения в стране. Он был организован приказом ректора в 1945 году на основе юбилейных выставок по истории университета, проходивших в 1939 и 1944 годах. Идея создания музея возникала еще в 1930-е годы на страницах университетской многотиражной газеты и в книге отзывов выставки по истории университета, которая была организована в 1939 году.
Фонды музея составляют подлинные документы и фотографии, приборы и учебные пособия, книги, произведения искусства и мемориальные вещи выдающихся ученых, награды и подарки университету. Фонды делятся по тематическим и функциональным признакам, их особую часть представляют личные фонды, содержащие разнообразный материал о жизни и деятельности крупнейших ученых университета: М. А. Балугьянского (начала XIX века – это коллекция наиболее ранних подлинных документов, имеющихся в музее), А. А. Иностранцева, Н. И. Кареева, В. А. Фока, А. Н. Теренина, П. Г. Лукирского, С. Э. Фриша, Ю. В. Линника, Б. А. Ананьева, А. А. Ухтомского и многих других.
В настоящее время в Музее истории СПбГУ находится временная экспозиция, которая посвящена основанию университета в 1724 году и его истории в XIX – начале XX в.
