Галерея распахнула двери 20 декабря 1987 года. Идея ее создания принадлежит представителям творческой интеллигенции, художникам и членам литературного объединения «Кимберлит», возглавляемого известной журналисткой, писательницей Мэри Михайловной Софианиди. В 1995 году указом первого Президента Якутии М.Е. Николаева галерея стала филиалом Национального художественного музея РС (Я). 27 июля 2018 г. Указом Главы РС (Я) Вилючанской художественной галерее присвоено имя художника–скульптора Э.И. Пахомова, лауреата Государственной премии РС (Я) имени П.А. Ойунского, члена СХ России, заслуженного деятеля искусств РС (Я). Большую помощь в формировании и пополнении фондов, становлении и развитии галереи оказывали и оказывают М.М. Софианиди, Э.И. Пахомов, народные мастера З.Д. Понохова, О.И. Гуляева, М.Н. Контогорова, мастера Е.С. Кокорева, З.М Данилова, В.С. Глухарева, П.И. Алексеев. Благодаря деятельному участию дарителей, существенно пополнилось собрание галереи. Сегодня в фондах хранятся произведения живописи, графики, скульптуры и декоративно-прикладного искусства XVIII–XXI веков. Собрание знакомит с произведениями художников Якутии и России, показывает многообразие творческих поисков живописцев А.Н. Осипова, М.Н. Магатыровой, Э.И. Васильева, В.Г. Петрова, А.Д. Васильева, Ю.Ф. Заварзова (Омск), С.С. Смирнова (Москва), Садык–Оглы (Дагестан), В.А Максимова (Владивосток), А.П. Рыбкина и В.П. Барткевич (Санкт-Петербург), А.А. Покровского (Красноярск). Значительную часть коллекции составляет графика, где представлены произведения В.Р. Васильева, В.С. Карамзина, А.Е. Евстафьева, В.С. Парникова, М.А. Рахлеевой, Т.Е. Шапошниковой и др.
