Музей открыт 1 октября 1992 года. Здание музея постройки конца XIX века является одним из красивейших зданий п. Кильмезь. Это бывший купеческий магазин, принадлежавший до революции купцу II гильдии И. М. Выгодчикову.
На момент открытия в музее работал один общий зал с экспозициями по истории родного края, археологический отдел. В октябре 2004 года открывается зал Боевой Славы и коллекционный зал, появляются новые экспозиции: «Как рубашка в поле выросла», о процессе выращивания и переработки льна, «Растительность Кильмезского района», где были представлены практически все виды пород деревьев и кустарников, произрастающих в районе. В 2011 году открылась экспозиция «В крестьянской избе». В 2013 году – «Купеческая комната». В 2021 году – «Советский быт». Сейчас в музее 4 зала: зал истории, природы, выставочный зал и зал Боевой Славы.
