Музей занимает двухэтажное кирпичное здание постройки 1892 г., являющееся памятником градостроительства и архитектуры «Купеческая усадьба Лагунова».
Фонды музея насчитывают 26 296 единиц хранения, из них основной фонд – более 20 тысяч единиц хранения.
Действуют 9 выставочных залов, посвященных истории города Шенкурска, промыслам и занятиям крестьян Шенкурского уезда, открыты выставки «Артефакты гражданской войны», «Шенкурский район в годы Великой Отечественной войны 1941–1945 гг.». К 100-летию музея в 2020 г. открыта новая природоведческая экспозиция.
Музей проводит научно-образовательные мероприятия: каждые 5 лет проходят межрегиональные научно-практические конференции, раз в 2 года – районные православные краеведческие Варлаамовские чтения, раз в 2 года – фестиваль текстиля и традиционных ремесел «Евдокиевские дни».
