Музей был открыт 16 июня 1974 года. Основатель и первый директор – кандидат исторических наук, доктор философских наук, профессор, заслуженный работник культуры России К. Уткин.
Основное направление работы – раскрытие взаимовлияния материальных и духовных культур русского и якутского народов. В этом контексте показана роль русских крестьян сел Антоновка, Александровка и Аммосовка как зачинателей земледелия в улусе. Большое место в музейной экспозиции уделено геологам Амакинской геологоразведочной экспедиции и изыскательским работам на Накынском месторождении алмазов.
В 1978 году музей был преобразован в Нюрбинский государственный музей дружбы народов и начал действовать как филиал Якутского государственного объединенного музея истории и культуры народов Севера имени Ем. Ярославского. Ныне музей не является филиалом республиканского музея.
17 ноября 1990 года при музее была открыта картинная галерея. В галерее представлены работы известных якутских графиков, скульпторов, живописцев.
26 сентября 2020 года состоялось открытие обновленной постоянной экспозиции музея. Фонды музея и его филиалов на 1 января 2021 года – 16 040 предметов. Основной фонд – 10 267 предметов.
