Гербарий СПбГУ – один из старейших на территории России по объектам хранения и входит во все каталоги и сводки гербариев мира (акроним LECB). Его фонды содержат не менее 800 000 гербарных листов высших растений.
Свою историю гербарий ведет от момента приглашения в университет для чтения ботанических курсов Густава Петровича Бонгарда в 1823 году. Он передал университету свою гербарную коллекцию, насчитывающую 13 тысяч образцов, послужившую основой для создания гербария. К 1836 году в гербарии было 13 000 гербарных листов. Среди коллекторов гербарных образцов, несомненно принадлежавших Густаву Петровичу Бонгарду, особенно выделяются Иоганн Бебер (1746–1820) и Карл Вильденов (1765–1812).
В начале 40-х годов XIX века гербарий значительно пополнился за счет личных сборов заведующего кафедрой ботаники И. О. Шиховского, а также благодаря дублетным материалам, полученным из Императорской Академии наук. В 1842 году коллекция состояла уже из 15 тысяч образцов. Значительно увеличился гербарий при А. Н. Бекетове (1825–1902), который заведовал кафедрой ботаники с 1863 по 1896 год. В это время для размещения гербария было выделено специальное помещение, в котором он располагается до настоящего времени.
