Минералогический музей был основан в 1785 году и ведет свое начало от Кабинета естественной истории Учительской семинарии. Музей обладает старейшей минералогической коллекцией в России. В формировании эталонной коллекции минералов принимали участие знаменитые ученые: Д. И. Менделеев, Э. К. Гофман и другие.
Фонды музея насчитывают более 30 тысяч образцов (870 минеральных видов), составляющих следующие коллекции: систематическая (по минеральным видам), мемориальные коллекции (Д. И. Менделеева, Э. К. Гофмана, архиепископа Нила и других), коллекция метеоритов, фотоиллюстративный фонд, фонд рукописных и полевых материалов, фонд справочной и вспомогательной литературы.
В музее хранятся минералы, из которых Д. И. Менделеевым и последующими учеными были получены новые химические элементы. Коллекция алмазов и сопутствующих минералов из Кимберли, ЮАР, приобретенная Э. К. Гофманом в XIX веке, позволила в стенах кафедры минералогии ЛГУ создать метод поиска алмазов по сопутствующим минералам. С помощью этого метода было открыто первое коренное месторождение алмазов в СССР.
