Музей археологии и этнографии Алтая Алтайского государственного университета был создан в феврале 1985 г., а через год получил официальный статус (приказ министра высшего и среднего специального образования РСФСР № 74 от 28.01.1986). Инициатива открытия музея принадлежала заведующему лабораторией археологии Алтая Юрию Фёдоровичу Кирюшину. Её поддержал первый ректор АлтГУ Василий Иванович Неверов. Появлению музея предшествовала десятилетняя экспедиционная работа преподавателей, сотрудников и студентов исторического факультета. В результате были получены археологические коллекции по истории Алтая от каменного века до средневековья. Директором музея стал выпускник факультета Генрикас Леоно Нехведавичюс, организовавший строительство стационарной экспозиции.
Музейные фонды используются в учебной и научной деятельности университета. Курсовые и дипломные работы студентов, их доклады на конференции различного уровня опираются на материалы, хранящиеся в музее. Фонды музея стали основой для написания докторской и кандидатских диссертаций, защищенных сотрудниками университета. Кроме того, с музейными коллекциями знакомятся и работают ученые из многих городов России: Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Томска, Кемерово, Тобольска, Тюмени, Воронежа и др., а также иностранные специалисты из Японии и США.
