Музей образован по приказу ректора 6 января 1973 г. Однако начало формирования коллекции относится к более раннему периоду. В 1916 году было открыто Пермское отделение Императорского Петроградского университета, преобразованное в 1917 году в самостоятельный Пермский университет. При нем сразу же был создан Музей древностей и искусств, руководителям которого всего за несколько лет, несмотря на трудности и перипетии гражданской войны, удалось собрать уникальное собрание экспонатов.
Коллекции греческих и египетских предметов из бронзы, стекла, кости и керамики от антиквара А. Ф. Эльтермана была частично выкуплена университетом, а артефакты домашнего музея египетских и античных древностей генерал-майора А. А. Пальникова были переданы университету после национализации частных коллекций. Многие экспонаты древнерусского и восточного прикладного искусства подарены меценатами и профессорами университета.
В музей древностей и искусств Пермского университета только за первые два года деятельности поступило более 4 500 единиц хранения, а за последние 40 лет сформировался внушительный фонд по истории университета.
Экспонаты музея неоднократно были представлены на многих выставках: в Москве (ГМИИ им. А. С. Пушкина, Третьяковской галерее), Пермском краеведческом музее, Пермской художественной галерее, а также в Сыктывкарском университете.
За экспозицию древнеегипетских и античных памятников культуры «От Нила до Понта Эвксинского», организованную в залах Пермской художественной галереи в 1998–2000 гг., Музей истории Пермского университета удостоен диплома лауреата премии Пермской области в сфере культуры и искусства. Равно как и книга «Утро исторической легенды» (авторы Иван Колпаков и Александр Стабровский), рассказывающая о коллекциях и истории их поступлений, отмечена в 2006 году дипломом лауреата премии Пермского края в сфере культуры и искусства.
С 2011 года музей проводит акцию «Ночь музеев в Пермском университете», в которой участвуют университетские музеи, библиотека и ботанический сад. По университетской традиции акция проходит за день до всероссийской.
Музей истории Пермского университета – лауреат премии международного комитета музеев UMAC ICOM.
