Деятельность Керченского музея древностей как основной археологической базы на юге России была неразрывно связана сначала с Императорской академией наук, а с 1859 года – с Петербургской императорской археологической комиссией, официальным организационным и научным центром отечественной дореволюционной археологии.
Комплектование библиотеки при музее (начало библиотеки предположительно относят к 1836 году) щедро субсидировалось. Музею адресовались все собственные издания Императорской археологической комиссии: с 1859 года – «Отчеты Императорской археологической комиссии», а с 1900 года – «Известия Императорской археологической комиссии», «Материалы по археологии России». Интенсивно приобретались отечественные и зарубежные издания по античной истории.
Сегодня библиотека, насчитывающая уже 179 лет со дня своего основания, обладает уникальным фондом по античной истории; истории и археологии юга России: 5 743 тома печатных единиц, из которых 2 144 тома иностранной литературы, в основном древнегреческих и римских авторов.
