Музей создан 9 мая 2000 года и является преемником традиций первого музея на Кавказе – Псекупского музеума, основанного в 1864 году командиром конного Псекупского полка И. Д. Попко.
На январь 2026 года фонды музея насчитывают 7326 предметов основного фонда и 2860 единиц научно-вспомогательного фонда.
Экспозиция музея охватывает период от древности до современности. Центральное место занимает историческая реконструкция улицы Михайловской конца XIX века с уникальной фотографией того времени. В палеонтологическом зале представлены останки единственного в мире Фанагорийского слона и скелет кита Цетотерия. Археологическая диорама демонстрирует древнюю крепость Псыфабе. В зале «Интерьеры станичника и горожанина XIX–XX вв.» выставлены рубель, угольные утюги, рушилки и чугунки. Военная экспозиция включает реконструкцию ДЗОТа времен Великой Отечественной войны. С 2022 года действует комплекс «СВОи герои» с артефактами, переданными бойцами и военным корреспондентом Первого канала А. Ивановым. Также музей рассказывает об оперной певице Г. А. Ковалевой и разведчике А. И. Козлове – прототипе главного героя фильмов «Путь в Сатурн» и «Конец Сатурна».
