Музей был открыт 1 октября 1992 года. Здание музея постройки конца XIX века является одним из красивейших зданий п. Кильмезь. Это бывший купеческий магазин, принадлежавший до революции купцу II гильдии И. М. Выгодчикову.
На момент открытия в музее работал один общий зал с экспозициями по истории родного края, археологический отдел. В октябре 2004 года открылись зал боевой славы и коллекционный зал, появились новые экспозиции: «Как рубашка в поле выросла» (о процессе выращивания и переработки льна), «Растительность Кильмезского района» (практически все виды пород деревьев и кустарников, произрастающих в районе). С 2011 года открыта экспозиция «В крестьянской избе». С 2013-го – «Купеческая комната». С 2021-го – «Советский быт». Сейчас в музее четыре зала: зал истории, природы, выставочный зал и зал боевой славы.
