Музей «Историко-культурный центр «Коренная пустынь» был основан 2 апреля 1990 г.ода. Первая экспозиция находилась в небольшом здании, построенном в XIX веке. 19 сентября 1991года, во время своего визита в Коренную пустынь, Патриарх Московский и всея Руси Алексий II посетил Историко-культурный центр «Коренная пустынь» и дал высокую оценку работе центра по сбору и оформлению материала, связанного с монастырем «Коренная пустынь».
К моменту празднования 700 – летнего юбилея обретения на Курской земле чудотворной Иконы «Знамение» (21 сентября 1995 года) рядом с монастырской обителью, Курской Епархией и областным комитетом по культуре Курской области было построено современное здание, в котором разместились музейные и выставочные залы, гостиная, маленький концертный зал.
Экспозиционно-выставочная площадь музея составляет 387 м.кв. В витринах представлены документы, фотографии, предметы и картины, которые отражают историю обретения иконы Божией Матери «Знамение» Курская Коренная, основание и строительство мужского монастыря «Коренная пустынь», возникновение и расцвет Курской Коренской ярмарки (историческое название «Коренная ярмарка»). Один из залов экспозиции посвящён Русской Зарубежной Церкви. Сегодня чудотворная икона «Знамение» - главная святыня в РПЦЗ и находится в Америке.
Ежегодно музей посещают более 12 000 паломников.
С 2017 года центр является филиалом Курского областного краеведческого музея.
