История музея началась с личной коллекции Поля Дюбрюкса (1774–1835) – родоначальника керченской археологии, – основанной в 1810 г. 2 июня (14-го по новому стилю) 1826 г. музей был учрежден официально. Он располагался в доме П. Дюбрюкса до 1833 г.
В семи залах посетители знакомятся с историей Восточного Крыма – от палеолита до Средневековья. Здесь можно увидеть первые палеолитические артефакты, кремневый неолитический нож в роговой рукояти, металлические орудия эпохи бронзы, менгиры. Ранний железный век представлен находками из кургана кизил-кобинской культуры и двумя полными археологическими комплексами из Трехбратних курганов. Ионийская и аттическая расписная керамика, высокохудожественные предметы из кости, дерева, стекла и металла, выдающиеся эпиграфические памятники, изделия местных мастеров знакомят публику с античной культурой Боспорского царства с VI в. до н. э. до IV в. н. э. Средневековые памятники на выставке дают красочную палитру жизни разных народов Таврического полуострова.
