Музей как общественный был открыт в 1973 году по инициативе Максима Алексеевича Шубенкова. Размещался в небольшом здании барачного типа. В 1980 году музею выделили площади на втором этаже здания бывшего госбанка. По просьбе городской администрации распоряжением Совета министров БАССР от 23 июня 1989 года музей Туймазы стал филиалом Башкирского объединенного музея, ныне Национального музея Республики Башкортостан. Директором музея была назначена Лилия Ныкмухаметовна Кадырова, проработавшая в этой должности 18 лет. Количество экспонатов в начале было невелико, был необходим материал для создания первых экспозиций. Первые два зала были открыты 23 февраля 1990 года.
За эти годы музей зарекомендовал себя как уникальное учреждение, где хранятся редкие и интересные экспонаты. Экскурсии и лекции, проводимые научными сотрудниками, пользуются неизменным спросом в учебных заведениях города и района. Иногородних посетителей привлекают прежде всего камерность и яркость экспозиций. Так, дошкольников и школьников более всего интересует зал «Растительный и животный мир РБ». Старшее поколение радо видеть историю родного края в лицах и событиях. Ни один посетитель не уходит равнодушным из зала «Материальная культура народов РБ». Туймазинцы и гости города любят посещать художественные выставки, проводимые музеем.
