Музей истории донского казачества – первый музей на Дону и Юге России. Открытию музея предшествовала большая организационная и собирательская работа краеведов-энтузиастов, сплотившихся в общество любителей донской старины. В 1886–1887 годы была образована комиссия по устройству Донского музея под председательством помощника атамана по гражданской части И. М. Добрынина. В 1894 году началось строительство здания для музея по проекту академика А. А. Ященко, где музей находится и сегодня.
22 ноября 1899 года состоялось открытие Донского музея. Его первым директором (заведующим) стал статский советник Х. И. Попов, донской историк и археолог, остававшийся в этой должности до конца 1920 года. Решением Ростовского областного исполкома Советов депутатов трудящихся в феврале 1941 года Донской музей был реорганизован в музей истории донского казачества. В период оккупации города немецко-фашистскими войсками сотрудники сумели сохранить наиболее ценные предметы и коллекции. Вскоре после освобождения Новочеркасска музей возобновил свою работу.
В 1946 году из Пражского национального музея в музей истории донского казачества были возвращены 2 726 предметов из числа ценностей Донского музея, вывезенных за границу в 1920 году. В середине 1940-х годов в музей была передана коллекция картин Н. Н. Дубовского, завещанных им родному городу и состоявшая как из его собственных работ, так и из работ художников-передвижников. А ранее фонды музея пополнились работами известного донского художника-пейзажиста И. И. Крылова.
В 1957, 1979 и 1989 годах при музее истории донского казачества были созданы мемориальные дома-музеи художников М. Б. Грекова, И. И. Крылова и поэта В. Г. Калмыкова. В марте 2002 года состоялась торжественная церемония передачи губернатором области В. Ф. Чубом символического ключа от Атаманского дворца, официальной резиденции донских атаманов, памятника истории и архитектуры середины XIX века. В сентябре 2005 года открылся новый музей – «Атаманский дворец», который вошел в сложившийся музейный комплекс – Музей истории донского казачества.
