В 1972 году Борогонский музей был создан как районный музей на общественных началах. В 1980 году решением исполкома районного Совета народных депутатов он реорганизован в народный музей. В 1987 году музею был передан статус филиала Якутского музея истории и культуры народов Севера имени Ем. Ярославского.
В 2020 году решением сессии районного Совета депутатов музею присвоено имя крупного общественно-политического деятеля Якутии конца XVIII – начала XIX века, головы Борогонского улуса А. И. Аржакова – Сэсэн Ардьакыап. Директор – Дьулустан Михайлович Заболоцкий.
Работа музея – краеведческая поисковая деятельность, направленная на воспитание гражданско-патриотических качеств личности, на познание истории своего народа, его истоков, традиций и обычаев. Основное направление работы – комплектование фонда по коллекциям, создание условий для поддержания сохранности музейных коллекций и предметов, введение документооборота.
На январь 2020 года фонд насчитывает 17 577 единиц хранения. Из них основной фонд – 6 924, научно-вспомогательный – 10 653. Музейный фонд включает коллекции палеонтологии, этнографии, живописи, медицины, образования, спорта, сельского хозяйства и др.
