Строительство здания Мучного гостиного двора началось в конце XVIII века. Лавки были кирпичными, двухэтажными. В нижнем этаже линии по Волжской набережной имелась галерея. Поскольку в лавках торговали в основном мукой, зерном и крупами, гостиный двор стали называть Мучным. Во второй половине XIX века часть лавок подверглась перестройке. В ХХ веке галерею в северной линии двора ликвидировали. В этой части двора долгое время располагался Рыбинский краеведческий музей (ныне Рыбинский музей-заповедник). В 1993 году музей переехал в бывшее здание Рыбинской хлебной биржи. В помещениях начались реставрационные работы, которые продолжаются и в настоящее время.
В 2020 году Рыбинский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник открыл новые выставочные залы в здании Мучного гостиного двора, в которых работают временные выставки. Материалы фондов музея позволяют регулярно устраивать тематические выставки разнообразного содержания и принимать участие во многих выставочных проектах совместно с другими музеями региона.
