Музей истории Красноярского района был создан постановлением главы администрации Красноярского района № 1093 от 9 августа 1999 года. С 1 августа 2001 года он носит официальный статус муниципального музея.
В 2001 году был открыт отдел природы и археологии. Его концепция разработана совместно с Самарским областным историко-краеведческим музеем имени П. В. Алабина.
В конце 1990-х годов прошлого века был образован оргкомитет, функция которого заключалась в том, чтобы организовать работы по созданию музея. Возглавил его методист Районного центра детско-юношеского творчества Ю. В. Брыков. Параллельно с этим проходила научно-исследовательская экспедиция по Красноярскому району.
Первыми экспонатами музея были документы (воспоминания и другие), фотографии, одежда. Сохранить память – первостепенная задача, побудившая к созданию музея. Ежегодно здесь проходят выставки, мероприятия, лекции, экскурсии по действующим выставкам: «Природа родного края», «Торговая лавка», «Русская изба», «Красноярская крепость», «Минералы Поволжья», «От пера до пишущей машинки».
