Музей работает на стыке нескольких дисциплин и направлений: истории, этнографии, религиоведения, культурологи и искусствоведения. Ведется работа по сбору материалов и формированию фондов музея. Постоянная экспозиция состоит из отделов, посвященных языческой, буддийской, иудейской, русско-православной, армяно-григорианской и исламской культурам.
Особое место в музее с момента его открытия занимает выставочная деятельность. В специально созданном выставочном зале проводятся тематические и специализированные выставки из фондов музея, выставки изобразительного и фотографического искусства, обменные и передвижные проекты из музеев и частных собраний республики, страны и из-за рубежа.
Основные виды деятельности – собирательская, научно-исследовательская, просветительская работа, проведение научных конференций и презентаций, спецпрограммы для детей и юношества.
