Научная библиотека по изучению Востока и Крыма при Бахчисарайском музее была открыта в ноябре 1927 года. Основу фонда составили документы, уже имевшиеся в фонде Бахчисарайского музея к 1927 году:
В 1930 году в фонд были переданы книги из Бахчисарайской ханской мечети. Пополнялась библиотека в 30-х и 60-х годах документами, предоставленными некоторыми московскими (ГИМ, Библиотека им. Ленина), симферопольскими (Таврика), бахчисарайскими (городская библиотека) музейными и библиотечными учреждениями.
Существенным источником пополнения фонда с момента основания библиотеки и по сей день являются дарственные книги: дарили и дарят книги, журналы, монографии и авторефераты ученые, политики, общественные деятели, художники, сотрудники заповедника. Библиотека гордится коллекцией специализированных периодических изданий по истории, археологии и этнографии, которая насчитывает более 1 500 единиц. После войны уцелевшие рукописные, старопечатные и арабографичные документы были изъяты из фонда библиотеки и переданы в фонд музея. В 1955 фонд библиотеки бахчисарайского музея пополнился книгами библиотеки Музея «пещерных городов».
В настоящее время фонд Научной библиотеки БИКЗ насчитывает 10 276 единиц документов основного фонда и 395 единиц документов вспомогательного фонда, 1 700 единиц специализированных периодических изданий. Приоритетные направления комплектования библиотеки: