Предметом охраны объекта культурного наследия регионального значения достопримечательное место «Пунси» являются следующие особенности, подлежащие обязательному сохранению. Исторически сложившаяся система культурных и природных ландшафтов, образовавшаяся в результате деятельности человека с эпохи неолита по настоящее время, включающая: 1) следы существования человека от эпохи неолита (V тыс. до н.э.) до середины XX века, частично или полностью скрытые в земле, включая археологические предметы и культурные слои (в том числе в границах территории объектов археологического наследия), а также археологизированные древние сооружения, как выраженные в современном рельефе, так и скрытые в земле; 2) объекты культовой деятельности коренных малочисленных народов Севера: святилище юрт Пунси, священное место юрт Пунси, священное место между озерами Тупсилор и Большое Каюково, имеющие сакральный статус; 3) места, связанные с традиционным природопользованием и образом жизни коренных малочисленных народов Севера: поселения (стойбища), хозяйственные, промысловые и погребальные объекты.