Предметом охраны объекта культурного наследия регионального значения «Культовый ансамбль Рапын-Сор-Ики» в составе объектов культурного наследия регионального значения: достопримечательное место «Святилище Рапын-Сор-Ики», «Поселение Рапын-Сор-Ики», является: исторически сложившаяся система культурных и природных ландшафтов в границах территории ансамбля; объекты культурного наследия, входящие в состав ансамбля.