Предметом охраны объекта культурного наследия «Здание Якутской городской мужской прогимназии» являются:
- Местоположение и объемно-пространственная характеристика двухэтажного деревянного здания, участвующего в формировании всего комплекса усадебных построек и квартальной застройки старинной части города;
- Габариты и характер столярной обработки стен бревенчатого двухэтажного сруба, фундамент из бутового камня;
- Венцы, сложенные в углах «в лапу», внутренние капитальные перегородки, полы из досок, потолок, обшитый тесом, входной прируб с входной дверью и крыльцом, высотные отметки дома с тесовой кровлей в два слоя, карниз из профилированных досок без декора в оригинальном виде;
- Местоположение, габариты и конфигурация, оформление исторических (оригинальных) дверных и оконных проемов дома, столярное оформление оконных и дверных проемов, рамы с переплетами и стеклами, рамочные наличники без ставен в оригинальном виде;
- Архитектурно-художественное оформление фасада деревянного здания, сложившееся во второй половине XIX в. в провинциальном городе;
- Характер обработки фасадных поверхностей наружных стен дома, стесанная наружная и внутренняя стороны венцов дома, обмазка и штукатурка внутренних поверхностей здания, покраска стен и потолков в оригинале;
- Прируб, составленный из круглых стесанных бревен, с кладовкой, отдельный вход в оригинальном виде;
- Балки потолочные и половые, доски пола и тесовые потолочные перекрытия в оригинальном виде;
- Железные и медные изделия: засовы, шарниры, гвозди ручной кузнечной работы.
